منابع آلودگی به آفات و بیماریها در گلخانه متنوع است. البته همانطور که ذکر شد ، کنترل و در اختیار گرفتن این منابع آلودگی به دلیل ماهیت گلخانه در مقایسه با موارد مشابه به مراتب آسانتر است . خاک منبع اصلی آلودگی بسیاری از بیماریهای قارچی خاکزاد و نماتودهای انگل گیاهی محسوب می شود. بقایای گیاهی و بقایای درون خاک در بسیاری موارد به عنوان منبع آلودگی بیماریهای گیاهی و پناهگاه آفات برای سال بعد عمل می کنند. بذر و نیز اندامهای تکثیری مانند سوخ ها، ریزوم ها، کورم ها، و نشاءها به عنوان منبع آلودگی بخصوص در مورد بیماریهای قارچی بذر زاد و ویروسها و برخی باکتری ها عمل می کنند .
آب آبیاری نقش مهمی در پراکنش بیماریهای خاک زاد در محیط گلخانه دارد. جریان های هوا و وزش باد باعث انتقال اسپورها و حشراتی از قبیل تریپسها و سفید بالکها به داخل گلخانه ها می شود. حشراتی از قبیل شته ها، زنجره ها، و تریپس ها، علاوه بر ایجاد خسارت مستقیم، به عنوان ناقل بیماری های ویروسی مطرح بوده و در این موارد منبع آلودگی محسوب می شوند . علفهای هرز به عنوان میزبان حدواسط تعدادی از آفات و بیماریها عمل کرده و در زمان عدم حضور گیاه میزبان ، جمعیت آنها را حفظ می نمایند.